南京市作家协会前身是南京文联文学部，于1949年11月在南京成立；1962年11月，南京市第三次文代会期间，正式更名为南京市文学工作者协会（简称南京文协）；1985年5月23日，更名为南京市作家协会。著名文学家、作家吴强、孔罗荪、唐圭璋、路翎、程千帆、方之、张弦、包忠文、杨苡、俞律、姜滇、冯亦同等都曾在市文联、作协任过职。
协会自成立以来，团结了一大批著名作家和文学工作者。协会现有个人会员1402名，其中，中国作协会员203人、省作协会员510人。多年来，会员们创作热情高涨，佳作不断，小说、诗歌、散文、文学评论、纪实文学、儿童文学、影视编剧、网络文学等各种文体百花齐放。“南京作家群”已成为享誉全国的作家群体，叶兆言、黄蓓佳、周梅森、储福金、苏童、毕飞宇、韩东、傅宁军、鲁敏、薛冰等作家的多部作品获得“五个一工程”奖、茅盾文学奖、鲁迅文学奖、全国优秀中篇小说奖、全国优秀儿童文学奖、人民文学奖、华语文学传媒大奖、曼布克亚洲文学奖、亚洲秦春文学奖、庄重文文学奖、冯牧文学奖、中国小说学会奖等，在文坛和社会上产生了一定影响。多部作品被广泛翻译成英、法、德、意、日、俄、意大利、西班牙等多国语言。
于1996年在全国首创的“签约作家制”，至今已有20余年，共有21批200余部作品参与签约，《大学生村官》等签约作品获得全国奖项；而于1986年创立的“金陵文学奖”是本市唯一的文学专项奖，也是全国最早的城市文学奖之一，迄今已评选十届，有力推动了南京文学创作，培养和促进了作家的成长，催生了一批佳作的诞生。
2019年，南京被联合国教科文组织授予“文学之都”称号，覆盖老中青几代人的强大的“南京作家群”为申都成功做出了巨大贡献。作协将趁此东风，继续出人才、出精品，不负“文学之都”的盛誉，力争从南京走出有世界影响力的文学大师和公认的文学经典，成为世界读者向往的文学圣地。
2020年12月28日，南京市作家协会第六次会员代表大会在江苏省会议中心召开，会议选举产生新一届主席团，叶兆言当选主席，副主席（按姓氏笔画排序）有申赋渔、祁智、吴俊、余一鸣、陈正荣、曹寇、韩东、韩青辰、鲁敏。